Пользователь - это тот, кто может пользоваться различными функциями программы в зависимости от открытых ему доступов. Пользователем может быть абсолютно любой сотрудник компании (даже тот, который не оказывает услуг клиентам).
Сотрудник - это тот, кто оказывает услуги клиентам организации. Сотрудника необходимо привязать к пользователю для того, чтобы можно было поставить его в график, назначить расчет зарплаты, подключить услуги и т.д.
Пользователь может использовать Yclients без привязки к сотруднику, сотрудник без привязки к пользователю - нет.